Bruno Pot a débuté sa carrière académique en 1983 en tant que taxonomiste microbien au Laboratoire de microbiologie de Gand, en Belgique, où il a obtenu un doctorat en microbiologie. Après l’obtention de son doctorat, il a participé à de nombreux projets derecherche européens sur les bactéries lactiques et a développé un fort intérêt pour la bioinformatique.
Après 14 années de recherche, il est devenu Science Manager Benelux et Science Manager Europe pour la société Yakult Europe (aux Pays-Bas). En 2001, il a rejoint Applied Maths, une jeune société belge de bioinformatique, en tant que directeur du Business Development à temps partiel. Parallèlement, il est devenu Directeur de Recherche du laboratoire 'Bactéries Lactiques et Immunité des Muqueuses' de l'Institut Pasteur de Lille (France) spécialisé en recherche fondamentale dans le domaine des probiotiques.
A la même période, il a commencé à enseigner la microbiologie alimentaire, l'hygiène et l'écologie en tant que professeur invité à la Vrije Universiteit Brussel (Belgique). En 2016, Bruno Pot a de nouveau rejoint Yakult Europe aux Pays-Bas en tant que Directeur scientifique Europe. Il continue à enseigner à la Vrije Universiteit Brussels et est membre du Sous-comité sur la taxonomie des Lactobacilles, des Bifidobactéries et des genres apparentés, et président du Pharmabiotic Research Institute (PRI).
Il est également membre fondateur de l'ESLP et participe activement aux activités de l'IPA Europe, l’ILSI Europe et de l’ISAPP sur les probiotiques.
